La prima versione, Pro Tools LE 6.x, era parte del pacchetto SW collegato alla prima Digidesign Mbox, semplice ed intuitivo da usare.
Le versioni hanno apportato alcuni miglioramenti tra cui la separazione tra HW e SW, con la version 10 non รจ più necessario usare una scheda audio Digidesign (ora Avid).
Il problema principale di Pro Tools 10 e Windows sta nel fatto che i driver del suono compatibili ASIO non sono disponibili per tutte le schede sonore integrate sulle motherboards (shame on windows), come soluzione utilizzo una scheda Presonus 1818VSL come scheda audio sul PC utilizzato nell’elaborazione delle tracce audio.